新疆动物资源丰富，分布较广，其中不乏有较多的珍稀濒危动物，他们在研究生物多样性、生态适应、物种进化等具有重要的地位。建设动物标本馆对收集和保存濒危动物，开展动物研究、科普教育、动物学教学具有重要的意义。动物标本馆是新疆维吾尔自治区科普教育基地-喀什大学博物馆分馆之一。 

本馆始建1988年，时称动物标本室，2014年在中央财政支持地方高校发展专项资金支持下，在原喀什师范学院（现喀什大学高台校区）进行了扩建，扩建后标本馆占地面积143平方米，馆藏动物标本355种498具，建成后在疆内外产生了较大影响，所收集的部分动物为国内外动物学专家学者所关注。 

喀什大学新泉校区顺利搬迁运行后，为传承学校在动物学教学科研、公众科普教育的特色和优势，在中央财政支持高校发展专项资金的支持下，借鉴国内高校动物标本馆建设经验，于2020年10月建成了集体现南疆自然景观特色、展示动物、影像互动和资料检索于一体的现代化动物标本馆。标本占地面积700余平方米，馆藏动物标本550种，收藏了雪豹、普氏野马、北山羊、盘羊、黑鹳、四爪陆龟等为代表的新疆珍稀保护动物，同时还广泛收藏许多其他地区的动物资源。