新疆帕米尔高原生物资源与生态实验室建设基础为叶尔羌绿洲生态与生物资源研究重点实验室，2013年被自治区教育厅确定为自治区高校重点实验室，建设之初是2009年1月喀什大学（原喀什师范学院）成立的校内科研实验室。经过10年的运行和建设，实验室按照国家重点实验室“开放、交流、合作、竞争”的原则，先后完成了一系列国家和省部级科研项目，如国家自然科学基金项目、自治区区域生物多样性保护与利用科技创新团队项目、自治区自然科学基金项目、自治区高校科研计划项目以及国家环境保护部生物多样性监测项目，通过这些项目的实施，在濒危动物生态与进化、植物逆境生物学、高寒微生物学、入侵生物学等方面进行了深入研究，并积累了丰富的研究经验。目前，实验室承担有关生物资源研究与生态安全方面的国家自然科学基金项目、自治区自然科学基金项目以及自治区高校科研计划项目多项。实验室空间、研究队伍、实验仪器设备条件等经过多年的建设逐步改善，能够满足科研需要。实验室在开放运行的同时，也吸引了一批高水平专家参与实验室的项目研究。以实验室研究队伍为核心，2014年获批自治区区域生物多样性保护与利用科技创新团队。现有濒危动物生态与分子进化、植物逆境生物学与生态适应、特殊环境微生物资源与生态3个研究方向。 

实验室现有研究人员30人，管理人员4人，结构合理，发展潜力大。其中教授6人，副教授9人，有自治区科技创新团队1个，自治区青年科技人才1人、青年博士1人；具有博士学位12名，7名具有博士后研究经历。实验室占地面积1293.6平方米，下设区域生物多样性研究室、植物逆境生物学研究室和资源微生物资源研究室3个研究室，大型仪器分析室、实验动物饲养室和南疆动植物种质资源基因库公共平台，以及独立的会议室和学术报告厅等，科研用房能够满足科研需要。 

实验室现有科研仪器设备总值1513万元，其中万元以上设备总值为973.27万元，包括荧光定量PCR仪、荧光倒置显微镜、动物行为分析软件、ENVI和ArcGIS分析软件、梯度PCR仪、核酸浓度检测仪、凝胶成像系统、等电点聚焦电泳仪、高速冷冻离心机、超低温冰箱、气相色谱仪、液相色谱仪、氨基酸分析仪等，以及野外观测需要的红外相机、动物跟踪记录仪、摄像机、望远镜等设备。同时与新疆玉昆仑天然食品工程有限公司、金胡杨药业、喀什海关建立合作关系，在科研仪器共享方面具有优势，以此作为实验室的补充。