中心实行校、院两级管理的主任负责制。中心主任由学校任命，全面主持中心的实验教学和实验室管理工作。副主任负责中心日常事务管理工作。中心人员管理模式为按需设岗，竞聘上岗，按岗考核。中心实行目标岗位责任制管理。   

喀什大学制定完善实验室管理制度的同时，中心根据具体情况制定了一系列实验教学管理制度和措施，保证了中心联合开放、高效共享的运行机制。在实验教学管理体制上，实验中心按照学院各专业的课程计划和教学大纲的要求，统一由实验中心组织考核，实现了人力资源共享，保证了教学质量。实验中心的经费使用、实验材料采购、实验开放、仪器设备管理等，均由学院领导和中心主任统筹安排，实现了人、财、物的统一管理。   

实验课教学实行课程主讲教师和实验员负责制。基础生物实验教学示范中心成立后，所有实验室均有专人负责，实行开放管理。实验室对高年级学生及研究生开放，鼓励他们利用教学实验室的仪器设备完成大学生创新创业计划、毕业论文等工作，以学生的科研活动促进实验教学的发展。为保证实验教学的有序进行，实现全面提高学生素质的目标，中心本着以人为本的原则，制定和完善了实验教学和实验室的各项规章制度，使实验教学和管理有章可循，形成了规范化的运行管理机制。逐步提高学校实验室的管理水平，中心也根据自己的具体特点，制定了实验指导教师守则、实验技术人员守则、实验室学生守则和实验室仪器设备管理制度等严格的管理制度。