新疆动植物资源丰富,分布较广,其中不乏有较多的珍稀濒危动植物,它们在研究生物多样性、生态适应、物种进化等具有重要的地位。喀什大学自然博物馆的建立对收集和保存濒危动植物,开展动植物研究、科普教育、动植物教学具有重要的意义。自然博物馆是新疆维吾尔自治区科普教育基地-喀什大学自然博物馆分馆之一。
始建1988年,时称动物标本室,2014年在中央财政支持地方高校发展专项资金支持下,在原喀什师范学院(现喀什大学高台校区)进行了扩建,扩建后标本馆占地面积143平方米,馆藏动物标本355种498具,建成后在疆内外产生了较大影响,所收集的部分动物为国内外动物学专家学者所关注。
喀什大学新泉校区顺利搬迁运行后,为传承学校在动物学教学科研、公众科普教育的特色和优势,在中央财政支持高校发展专项资金的支持下,借鉴国内高校自然博物馆建设经验,于2020年10月建成了集体现南疆自然景观特色、展示动植物、矿物影像互动和资料检索于一体的现代化自然博物馆。博物馆占地面积1300余平方米,馆藏动物标本550种,收藏了雪豹、普氏野马、北山羊、盘羊、黑鹳、四爪陆龟等为代表的新疆珍稀保护动物,同时还广泛收藏许多其他地区的动物资源。植物标本馆有1200余种植物标本,涵盖了所有植物科、属、种,在建设中还在不断补充南疆特有植物标本,种属不断增加;地质标本馆有标本600余种,涵盖矿物、岩石标本、动植物化石,典型的标本有紫晶石、金刚石、披毛犀等;馆内针对动植物、矿物资源保护、生态环境保护布置了详尽且图文并茂的文字介绍。